研究業績 (2002,2003)

[原著] [総説等] [学会発表] [単行書] [研究報告書] [その他] (written in Japanese and English)

原著

  1. S. Neya and N. Funasaki : meso-Tetra(tert-butyl)porphyrin as a Precursor of Porphine. Tetrahedron Lett., 43, 1057-1058 (2002)
  2. N. Funasaki, S. Ishikawa and S. Neya : Binding of Short-Chain Lecithin by [beta]-Cyclodextrin. Langmuir, 18, 1786-1790 (2002)
  3. N. Funasaki, S. Ishikawa and S. Neya : NMR Chemical Shift Methods for Binding Constant Determination of an Organic Anion and [alpha]-Cyclodextrin. Bull. Chem. Soc. Jpn., 75, 719-723 (2002)
  4. G. P. -J. Hareau, S. Neya, N. Funasaki and I. Taniguchi : New Route to Protoporphyrins III and XIII from Common Starting Pyrroles. Tetrahedron Lett., 43, 3109-3111 (2002)
  5. N. Okimoto, K. Yamanaka, A. Suenaga, M. Hata and T. Hoshino : Computational Studies on Prion Proteins: Effect on Ala117 → Val Mutation. Biophys. J., 82, 2746-2757 (2002)
  6. R. M. Gulam, T. Matsushita, S. Neya, N. Funasaki and J. Teraoka : Resonance Raman Characterization of Porphycene Anions. Chem. Phys. Lett., 357, 126-130 (2002)
  7. Y. Hirano, M. Hata, T. Hoshino and M. Tsuda : Quantum Chemical Study on the Catalytic Mechanism of the C-Subunit of cAMP-Dependent Protein Kinase. J. Phys. Chem. B, 106, 5788-5792 (2002)
  8. N. Funasaki, S. Ishikawa and S. Neya : Solution Structures of [alpha]-Cyclodextrin Complexes with Propanol and Propanesulfonate Estimated from NMR and Molecular Surface Area J. Phys. Chem. B, 106, 6431-6436 (2002)
  9. T. Tsuchiya, D. Katagiri, M. Hata, T. Hoshino and M. Tsuda : Theoretical Analysis of the Stability of Helices. J. Mol. Struct. (THEOCHEM), 589-590, 413-422 (2002)
  10. D. Katagiri, T. Tsuchiya, M. Tsuda, M. Hata and T. Hoshino : Computational Analysis of Stability of the [beta]-Sheet Structure. J. Phys. Chem. B, 106, 9151-9158 (2002)
  11. Y. Ohgo, S. Neya, T. Ikeue, M. Takahashi, M. Takeda, N. Funasaki and M. Nakamura : Molecular Structures of Five-Coordinated Halide Ligated Iron(III) Porphyrin, Porphycene, and Corrphycene Complexes. Inorg. Chem., 41, 4627-4629 (2002)
  12. Y. Fujii, M. Hata, T. Hoshino and M. Tsuda : Catalytic Mechanism of Class A [beta]-Lactamase: Role of Lysine 73 and C3-Carboxyl Group of the Substrate Pen G in the Deacylation Step. J. Phys. Chem. B, 106, 9687-9695 (2002)
  13. K. Murata, T. Hoshino, Y. Sato, M. Hata and M. Tsuda : A Factor to Determine the Direction of the Proton Transfer in Bacteriorhodopsin. Chem-Bio Inform. J., 2, 97-103 (2002)
  14. K. Mori, M. Hata, S. Neya and T. Hoshino : A Study on the Role of Mg2+ in a Ras Protein by MD Simulation. Chem-Bio Inform. J., 2, 147-155 (2002)
  15. N. Okimoto, K. Yamanaka, A. Suenaga, Y. Hirano, N. Futatsugi, T. Narumi, K. Yasuoka, R. Susukita, T. Koishi, H. Furusawa, A. Kawai, M. Hata, T. Hoshino and T. Ebisuzaki : Molecular Dynamics Simulations of Prion Proteins - Effect of Ala117 → Val mutation- . Chem-Bio Inform. J., 3, 1-11 (2003)
  16. S. Neya, K. Imai, H. Hori, H. Ishikawa, K. Ishimori, D. Okuno, S. Nagatomo, T. Hoshino, M. Hata and N. Funasaki : Iron Hemiporphycene as a Functional Prosthetic Group for Myoglobin. Inorg. Chem., 42, 1456-1461 (2003)
  17. D. Katagiri, M. Hata, T. Itoh, S. Neya and T. Hoshino : Atomic-Scale Mechanism of the GTP → GDP Hydrolysis Reaction by the Gi[alpha]1 Protein. J. Phys. Chem. B, 107, 3278-3283 (2003)
  18. Y. Ohgo, S. Neya, M. Takahashi, M. Takeda, N. Funasaki and M. Nakamura : Iodo(etiohemiporphycenato)iron(III): Unexpected Difference in Magnetic Behavior in Solution and Solid. Chem. Lett., 32, 526-527 (2003)
  19. N. Funasaki, H. Yamaguchi, S. Ishikawa and S. Neya : Coexistence of Two 1:1 Complexes of Oxyphenonium Bromide and alpha-Cyclodextrin. Bull. Chem. Soc. Jpn., 76, 903-911 (2003)
  20. N. Funasaki, S. Ishikawa and S. Neya : Proton NMR Study of alpha-Cyclodextrin Inclusion of Short-Chain Surfactants. J. Phys. Chem. B, 107, 10094-10099 (2003)
  21. T. Hoshino, M. Hata, S. Neya, Y. Nishioka, T. Watanabe, K. Tatsumura and I. Ohdomari : Diffusion of Molecular and Atomic Oxygen in Silicon Oxide. Jpn. J. Appl. Phys., 42, 3560-3565 (2003)
  22. Y. Fujii, N. Okimoto, M. Hata, T. Narumi, K. Yasuoka, R. Susukita, A. Suenaga, N. Futatsugi, T. Koishi, H. Furusawa, A. Kawai, T. Ebisuzaki, S. Neya and T. Hoshino : Molecular Dynamics Study on Class A [beta]-Lactamase: Hydrogen Bond Network among the Functional Groups of Penicillin G and Side Chains of the Conserved Residues in the Active Site. J. Phys. Chem. B, 107, 10274-10283 (2003)
  23. T. Hoshino, M. Hata, S. Neya, Y. Nishioka, T. Watanabe, K. Tatsumura and I. Ohdomari : Probability of Atomic or Molecular Oxygen Species in Silicon and Silicon Dioxide. Jpn. J. Appl. Phys., 42, 6535-6542 (2003)
  24. K. Murata, T. Hoshino, Y. Sato, M. Hata and M. Tsuda : Unidirectional Proton Transfer Mechanism in the L → M → N Sequence of Bacteriorhodopsin. J. Mol. Struct. (THEOCHEM), 664-665, 125-133 (2003)
  25. N. Torimoto, I. Ishii, M. Hata, H. Nakamura, H. Imada, N. Ariyoshi, S. Ohmori, T. Igarashi, and M. Kitada : Direct Interaction between Substrates and Endogenous Steroids in the Active Site May Change the Activity of Cytochrome P450 3A4. Biochemistry, 42, 15068-15077 (2003)

総説等

  1. 根矢三郎，星野忠次，畑　晶之：理論と実験による分子設計．千葉大学大学院薬学研究院の成果−薬学の世界をのぞく，千葉日報（2002）

学会発表

  1. 森　健一，長張健太郎，津田　穣，畑　晶之，星野忠次：RasのSosによるGDP-GTP交換反応機構．日本薬学会第122年会要旨集−３，13（2002）
  2. 山内庸代，山中一徳，新本直樹，佐藤慶治，森　健一，田中良和，野村仁美，畑　晶之，星野忠次：HIV-1 protease阻害薬に関する分子動力学的研究．日本薬学会第122年会要旨集−３，14（2002）
  3. 山中一徳，沖本憲明，津田　穣，畑　晶之，星野忠次：Myosinによる加水分解反応機構に関する理論的研究．日本薬学会第122年会要旨集−３，14（2002）
  4. 新本直樹，平野秀典，津田　穣，畑　晶之，星野忠次：ヒトキマーゼの脱アシル化反応機構．日本薬学会第122年会要旨集−３，14（2002）
  5. 平野秀典，新本直樹，津田　穣，畑　晶之，星野忠次：アセチルコリンエステラーゼの脱アシル化反応機構．日本薬学会第122年会要旨集−３，14（2002）
  6. 片桐大輔，土屋貴裕，津田　穣，畑　晶之，星野忠次：量子化学的手法によるβ-sheet構造の安定性解析．日本薬学会第122年会要旨集−３，14（2002）
  7. 土屋貴裕，片桐大輔，津田　穣，畑　晶之，星野忠次：量子化学的手法によるヘリックス構造の安定性解析．日本薬学会第122年会要旨集−３，14（2002）
  8. 畑　晶之，平野秀典，西田理恵，星野忠次，津田　穣：Cytochrome P-450による一酸素原子添加反応における新しい最終活性種．日本薬学会第122年会要旨集−３，15（2002）
  9. 刑部泰輔，藤井康之，津田　穣，畑　晶之，星野忠次：８-オキソグアニンDNAグリコシラーゼによるグリコシド結合切断メカニズム．日本薬学会第122年会要旨集−３，15（2002）
  10. 石川誠司，山口　浩，八田成久，根矢三郎，舟崎紀昭：α-シクロデキストリンとプロパノール及びプロパンスルホネートとの包接複合体の溶液構造．日本薬学会第122年会要旨集−３，19（2002）
  11. 根矢三郎，舟崎紀昭：鉄ヘミポルフィセンをもつミオグロビンの物理化学的性質．日本薬学会第122年会要旨集−３，21（2002）
  12. 安本悠紀，村田克美，土屋貴裕，畑　晶之，星野忠次，津田　穣：量子化学的手法によるバクテリオロドプシンのプロトン輸送反応機構．日本薬学会第122年会要旨集−３，29（2002）
  13. 藤井康之，畑　晶之，沖本憲明，星野忠次：Class A β-lactamaseの基質拘束とΩ-loopの可動性の分子動力学的研究．日本薬学会第122年会要旨集−３，30（2002）
  14. 鳥本奈緒，中村裕義，有吉範高，中澤一純，大森　栄，畑　晶之，石井伊都子，北田光一：内因性ステロイドによる発現CYP3A4及びCYP3A7の活性変化．日本薬学会第122年会要旨集−４，101（2002）
  15. 大胡惠樹，池上崇久，中村幹夫，根矢三郎，舟崎紀昭：ポルフィリン、ポルフィセン、コルフィセンの６配位鉄(III)錯体の構造と物性の相関．日本化学会第82春季年会（2002）
  16. 三重安弘，山田千穂，Georges P-J. Hareau，根矢三郎，宇野公之，谷口　功：対称型ヘム再構成ミオグロビンの電気化学と機能解析．電気化学会第69回大会（2002）
  17. 根矢三郎，舟崎紀昭：鉄ヘミポルフィセンの生理機能の追及．第12回金属の関与する生体関連反応シンポジウム　−日々の生活と金属−　講演要旨集，16-17（2002）
  18. Y. Ohgo, S. Neya, T. Ikeue, M. Takahashi, M. Takeda, N. Funasaki and M. Nakamura : Molecular Structures of Five-Coordinated Halide Ligated Iron(III) Porphyrin, Porphycene, and Corrphycene Complexes. Second International Conference on Porphyrins and Phthalocyanines, Kyoto, Japan, Abstracts, 332 (2002)
  19. R. M. Gulam, S. Neya and J. Teraoka : Resonance Raman Charactrization of Highly Reduced Iron Porphycenes. Second International Conference on Porphyrins and Phthalocyanines, Kyoto, Japan, Abstracts, 338 (2002)
  20. S. Neya and N. Funasaki : Iron Hemiporphycene as the Prosthetic Group of Myoglobin. Second International Conference on Porphyrins and Phthalocyanines, Kyoto, Japan, Abstracts, 390 (2002)
  21. J. Hasegawa, K. Takata, S. Neya and H. Nakatsuji : SAC-CI Theoretical Study of the Excited States of Porphyrin Related Compounds: Porphin, Porphycenes, Corrphycene and Hemiporphycene. Second International Conference on Porphyrins and Phthalocyanines, Kyoto, Japan, Abstracts, 453 (2002)
  22. 藤井康之，沖本憲明，畑　晶之，星野忠次：Class A β-lactamaseの分子動力学的研究．日本コンピュータ化学会2002春季年会講演予稿集，1P25（2002）
  23. 田中良和，藤井康之，畑　晶之，星野忠次：class C β-lactamaseの基質脱アシル化反応機構に関する量子化学的研究．日本コンピュータ化学会2002春季年会講演予稿集，1P27（2002）
  24. 畑　晶之，京田直子，田中良和，刑部泰輔，石井伊都子，北田光一，星野忠次：CYP3A4によるカルバマゼピンエポキシ化反応メカニズム．日本コンピュータ化学会2002春季年会講演予稿集，1P28（2002）
  25. S. Neya and N. Funasaki : Biological Function of the Iron Complexes of Porphyrin Isomers. 6th International Porphyrin-Heme Symposium in Association with 9th International SPACC Symposium in Tokyo, Japan, PORPHYRINS, 11, 58 (2002)
  26. 藤井康之，畑　晶之，星野忠次：MDシミュレーションから判る基質と阻害剤の差異．第11回理論化学シンポジウム（2002）
  27. 石川誠司，根矢三郎，舟崎紀昭：アルキルトリメチルアンモニウムブロミドとα-シクロデキストリン複合体の溶液構造．第20回シクロデキストリンシンポジウム講演要旨集，102-103（2002）
  28. 福庭　誠，野村昌生，石川誠司，根矢三郎，舟崎紀昭：タウロコール酸ナトリウムのミセル形成とβ-シクロデキストリン包接の研究．第20回シクロデキストリンシンポジウム講演要旨集，128-129（2002）
  29. 石川誠司，根矢三郎，舟崎紀昭：NMRでみたαシクロデキストリンによる短鎖界面活性剤包接．第55回コロイドおよび界面化学討論会（2002）
  30. 藤井康之，沖本憲明，畑　晶之，星野忠次：6-APAによるclass A β-lactamaseの活性阻害機構．第三回情報計算化学生物学会大会論文集，55-56（2002）
  31. 野村仁美，藤井康之，沖本憲明，畑　晶之，星野忠次：リボザイムによるRNA切断メカニズムの分子動力学的研究．第三回情報計算化学生物学会大会論文集，63-64（2002）
  32. 森　健一，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：MDシミュレーションによる低分子量Gタンパク質におけるMg2+の役割に関する研究．第三回情報計算化学生物学会大会論文集，124-125（2002）
  33. 大胡惠樹，根矢三郎，池上崇久，高橋　正，竹田満洲雄，舟崎紀昭，中村幹夫：ポルフィリン及びポルフィリン異性体の構造と物性．第52回錯体化学討論会講演要旨集，27（2002）
  34. ラッバニMグラム，松下叔夫，根矢三郎，寺岡淳二：高還元ポルフィセン錯体の電子状態と振動解析．第52回錯体化学討論会講演要旨集，119（2002）
  35. 根矢三郎，星野忠次，畑　晶之，舟崎紀昭：生物無機化学者のための高効率ポルフィン合成法．第52回錯体化学討論会講演要旨集，260（2002）
  36. 根矢三郎：ミオグロビン配位子場の分子設計−アジド錯体のスピン平衡異常と生理機能への影響．第52回錯体化学討論会講演要旨集，323（2002）
  37. 浅田智子，石川誠司，舟崎紀昭，根矢三郎：環状四糖の溶液構造とエタノールとの結合．第52回日本薬学会近畿支部総会・大会（2002）
  38. 畑　晶之，京田直子，田中良和，刑部泰輔，幸　瞳，石井伊都子，北田光一，星野忠次，根矢三郎：CYP3A4によるカルバマゼピンエポキシ化反応メカニズム．日本生物物理学会第40年会講演予稿集，S73（2002）
  39. 藤井康之，野村仁美，畑　晶之，沖本憲明，星野忠次：Hammer-head Robozymeの触媒メカニズム．日本生物物理学会第40年会講演予稿集，S76（2002）
  40. 小林由香，中村裕義，有吉範高，畑　晶之，石井伊都子，北田光一：トリアゾラムと内因性ステロイドとの相互作用の密度汎関数論的解析．第17回日本薬物動態学会年会講演要旨集，213（2002）
  41. 星野忠次，畑　晶之，根矢三郎，西岡泰成，渡邊孝信，辰村光介，大泊　巌：シリコン酸化膜形成反応シミュレーションプログラムの開発．応用物理学会「極薄シリコン酸化膜の形成・評価・信頼性」（第８回研究会）予稿集１，279（2003）
  42. K. Mori, M. Hata, S. Neya and T. Hoshino : A Study on the Role of Mg2+ Ion in Small G-Proteins by MD Simulations. International Symposium on Molecular Nano-Engineering and Its Development into Microsystems - Chemical Nanoprocesses for Molecular Nanoengineering -, Tokyo, Japan, Abstracts, PA-10 (2003)
  43. T. Kinoshita, M. Hata, S. Neya and T. Hoshino : Computational Approach for the Design of High Affinity Antibody. International Symposium on Molecular Nano-Engineering and Its Development into Microsystems - Chemical Nanoprocesses for Molecular Nanoengineering -, Tokyo, Japan, Abstracts, PA-11 (2003)
  44. Y. Sato, M. Hata, S. Neya and T. Hoshino : Formation of Water Chains for Proton Transport in Bacteriorhodopsin. International Symposium on Molecular Nano-Engineering and Its Development into Microsystems - Chemical Nanoprocesses for Molecular Nanoengineering -, Tokyo, Japan, Abstracts, PA-12 (2003)
  45. Y. Fujii, M. Hata, S. Neya, M. Tsuda and T. Hoshino : Catalytic Mechanism of Class A [beta]-Lactamase. Substrate-Assisted Catalysis in the Deacylation Step. International Symposium on Molecular Nano-Engineering and Its Development into Microsystems - Chemical Nanoprocesses for Molecular Nanoengineering -, Tokyo, Japan, Abstracts, PA-13 (2003)
  46. ラッバニ・グラム、根矢三郎、寺岡淳二：ポルフィセンの共鳴ラマンスペクトル．日本化学会第83春季年会要旨集１，480（2003）
  47. 中嶋淳一郎，佐藤慶治，星野忠次，山崎真巳，斉藤和季：アントシアニジン合成酵素の触媒する反応機構の解析：18Oの取り込みと分子動力学計算．日本薬学会第123年会要旨集−２，151（2003）
  48. 畑　晶之，田中良和，京田直子，刑部泰輔，幸　瞳，石井伊都子，北田光一，星野忠次，根矢三郎：CYP3A4による薬物代謝機構：カルバマゼピンエポキシ化について．日本薬学会第123年会要旨集−３，18（2003）
  49. 根矢三郎，星野忠次，畑　晶之，舟崎紀昭：鉄ヘミポルフィセンはミオグロビン内部で生理機能を発現する．日本薬学会第123年会要旨集−３，26（2003）
  50. 森　健一，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：Mgの解離による低分子量G蛋白質の構造変化とGDP/GTP交換反応との相関．日本薬学会第123年会要旨集−３，32（2003）
  51. 野村仁美，藤井康之，沖本憲明，畑　晶之，星野忠次：ハンマーヘッド型リボザイムの触媒メカニズムに関する分子動力学的研究．日本薬学会第123年会要旨集−３，32（2003）
  52. 森　健一，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：Mg2+の配位による低分子量Gタンパク質の構造変化における分子動力学的研究．フィジカルファーマフォーラム2003（PPF2003）要旨集，32（2003）
  53. 森　健一，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：Mg2+による低分子量Gタンパク質の構造制御機構に関する分子動力学的研究．第７回理論化学討論会講演要旨集，2P25（2003）
  54. 藤井康之，畑　晶之，沖本憲明，根矢三郎，星野忠次：セフェム系抗生物質のクラスAβ-lactamase抵抗性由来の解明．日本コンピュータ化学会2003春季年会講演予稿集，1O07（2003）
  55. 森　健一，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：低分子量Gタンパク質のMg2+による制御機構に関する分子動力学的研究．日本コンピュータ化学会2003春季年会講演予稿集，1P26（2003）
  56. 片桐大輔，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：タンパク質立体構造推測プログラムの開発．日本コンピュータ化学会2003春季年会講演予稿集，2O08（2003）
  57. 藤井康之，野村仁美，沖本憲明，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：Hammerhead ribozymeの触媒機構におけるMg2+の役割．第13回金属の関与する生体関連反応シンポジウム　−金属が関与する生体反応を化学する−　講演要旨集，44（2003）
  58. 根矢三郎，星野忠次，畑　晶之，舟崎紀昭：鉄ヘミポルフィセンをもつミオグロビンと配位子の相互作用．第13回金属の関与する生体関連反応シンポジウム　−金属が関与する生体反応を化学する−　講演要旨集，86（2003）
  59. 畑　晶之，田中良和，京田直子，刑部泰輔，幸　瞳，石井伊都子，北田光一，星野忠次，根矢三郎：CYP3A4によるカルバマゼピンエポキシ化機構．第13回金属の関与する生体関連反応シンポジウム　−金属が関与する生体反応を化学する−　講演要旨集，102（2003）
  60. 森　健一，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：MDシミュレーションによる低分子量Gタンパク質におけるMgの役割に関する研究．第13回金属の関与する生体関連反応シンポジウム　−金属が関与する生体反応を化学する−　講演要旨集，118（2003）
  61. 佐藤慶治，太田雅美，藤　秀義，畑　晶之，星野忠次，佐藤武幸：病原ウィルスの薬剤耐性検査法の開発　薬剤−蛋白質間の結合力評価．電子情報通信学会　パターン認識・メディア理解研究会（PRMU）2003年6月研究会　−バイオインフォマティクスとパターン認識−，電子情報通信学会技術研究報告PRMU2003−27〜37，41-43（2003）
  62. 西山勝彦，渡邊孝信，星野忠次，大泊　巌：生体分子−半導体表面間相互作用の分子動力学シミュレーション．第64回応用物理学会学術講演会講演予稿集３，1220（2003）
  63. M. Hata, Y. Tanaka, Y. Fujii, T. Hoshino and S. Neya : Deacylation Mechanism of Class C Beta-Lactamase. 43rd Interscience Conference on Antimicrobial Agents and Chemothrapy, Chicago, USA, Abstracts, 77 (2003)
  64. 大出裕高，片桐大輔，石川英典，根矢三郎，畑　晶之，星野忠次：Hessian行列を用いたHarmonic Force Field Parameterization．情報計算化学生物（CBI）学会2003年大会予稿集，120-131（2003）
  65. 森　健一，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：細胞内イオン濃度・コレステロール濃度を反映した非対称性（POPC/POPE・POPS）リン脂質二重膜のMDシミュレーション．情報計算化学生物（CBI）学会2003年大会予稿集，137-138（2003）
  66. 根矢三郎，星野忠次，畑　晶之，舟崎紀昭：タンパク質でのヘミポルフィセン鉄錯体と配位子の相互作用の特異性．第53回錯体化学討論会講演要旨集，1DP188（2003）
  67. 畑　晶之，田中良和，藤井康之，石川英典，星野忠次，根矢三郎：クラスCβ-ラクタマーゼの基質脱アシル化反応機構．2003分子構造総合討論会プログラム，15（2003）
  68. 畑　晶之，田中良和，京田直子，刑部泰輔，幸　瞳，石井伊都子，北田光一，星野忠次，根矢三郎：CYP3A4における基質酸化部位特異性について．日本コンピュータ化学会2003秋季年会講演予稿集，7（2003）
  69. 星野忠次，佐藤慶治，畑　晶之，根矢三郎：Computational analysis on the transient movement of helices in sensory rhodopsin II. 北海道大学21世紀COEシンポジウム　第６回ファーマサイエンスフォーラム（2003）
  70. 畑　晶之，田中良和，京田直子，刑部泰輔，幸　瞳，石井伊都子，北田光一，星野忠次，根矢三郎：CYP3A4によるカルバマゼピン酸化機構．第26回情報化学討論会講演要旨集，39-40（2003）
  71. 木下智己，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次，大日方千紘：分子動力学法を用いた抗体研究．第26回情報化学討論会講演要旨集，69-72（2003）
  72. 大出裕高，太田雅美，星野忠次，杉浦　亙：HIV-1 protease阻害剤耐性の分子動力学的解析．第17回日本エイズ学会学術集会・総会抄録集，74（2003）
  73. 森　健一，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：生体内イオン・コレステロール濃度下における非対称性リン脂質二重膜に結合したRasタンパク質の分子動力学シミュレーション．第26回日本分子生物学会年会プログラム，63（2003）
  74. H. Ishikawa, Y. Fujii, M. Hata, T. Hoshino and S. Neya : Insights into the Deacylation Mechanism of Class D [beta]-Lactamases from Molecular Dynamics Simulations. International Symposium on Molecular Nano-Engineering and Its Development into Microsystems - Molecular Nano-engineering for Bio-Science and Technology Applications -, Tokyo, Japan (2003)
  75. H. Ode, D. Katagiri, H. Ishikawa, S. Neya, M. Hata and T. Hoshino : Fast Parameterization of Harmonic Force Field Based on the First-Principles Calculations. International Symposium on Molecular Nano-Engineering and Its Development into Microsystems - Molecular Nano-engineering for Bio-Science and Technology Applications -, Tokyo, Japan (2003)
  76. T. Hattori, Y. Yokomaku, M. Hata, T. Hoshino and S. Neya : Theoretical Study of Binding Affinity between HIV Gap Epitope and Human Leukocyte Antigen HLA-A*2402. International Symposium on Molecular Nano-Engineering and Its Development into Microsystems - Molecular Nano-engineering for Bio-Science and Technology Applications -, Tokyo, Japan (2003)

単行書

なし

研究報告書

  1. 星野忠次（分担），藤井康之，片桐大輔，木下智己，佐藤慶治，森　健一，石川英典，大出裕高：ナノ構造配列を基盤とする分子ナノ工学の構築とマイクロシステムへの展開（代表　大泊　巌）．早稲田大学COE「分子ナノ工学研究拠点」実績報告書（2003）
  2. 畑　晶之（代表）：クラスＣβ−ラクタマーゼによる抗生物質不活化機構に関する研究．（14771305）平成14年度科学研究費補助金（若手研究Ｂ）研究実績報告書（2003）
  3. 星野忠次（代表），畑　晶之，平野秀典，藤井康之，片桐大輔（分担）：生体分子の機能発現反応に関する理論的研究．平成14年度岡崎国立共同研究機構計算科学研究センターレポートNo. 3（2003）
  4. 森　健一（代表）：細胞内Mg2+濃度変化による細胞内情報伝達の制御−低分子量Ｇタンパク質におけるMg2+濃度変化の影響に関する分子動力学的研究−．平成15年度笹川科学研究助成金研究報告書（2004）
  5. 畑　晶之（代表）：クラスＣβ−ラクタマーゼによる抗生物質不活化機構に関する研究．（14771305）平成15年度科学研究費補助金（若手研究Ｂ）研究実績報告書（2004）
  6. 畑　晶之（代表）：薬物代謝酵素シトクロムP450の基質酸化部位特異性に関する研究．平成15年度医薬資源研究振興会（研究奨励）助成研究報告集（2004）
  7. 星野忠次（代表），畑　晶之，片桐大輔，佐藤慶治，森　健一，石川英典，太田雅美，服部知秀，幸　瞳（分担）：生体分子の機能発現反応に関する理論的研究．平成15年度岡崎国立共同研究機構計算科学研究センターレポートNo. 4（2004）

その他

  1. 森　健一，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：MDシミュレーションによる低分子量Gタンパク質におけるMg2+の役割に関する研究．第三回情報計算化学生物学会大会ポスター優秀賞（論文賞），情報計算化学生物学会（2002）
  2. 森　健一，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：Mg2+の配位による低分子量Gタンパク質の構造変化における分子動力学的研究．フィジカルファーマフォーラム2003（PPF2003）ベスト発表賞，（社）日本薬学会　物理系薬学部会（2003）
  3. 森　健一，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：細胞内イオン濃度・コレステロール濃度を反映した非対称性（POPC/POPE・POPS）リン脂質二重膜のMDシミュレーション．情報計算化学生物（CBI）学会2003年大会優秀ポスター賞（第１分野），情報計算化学生物学会（2003）
  4. 森　健一，畑　晶之，根矢三郎，星野忠次：非対称性リン脂質二重膜の構築プログラムの開発とシミュレーションへの応用．フィジカルファーマフォーラム2004（PPF2004）若手奨励賞，（社）日本薬学会　物理系薬学部会（2004）
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